Martin Berger ist im saarländischen Merzig aufgewachsen. Er studierte Kirchenmusik, Schulmusik und Germanistik sowie Dirigieren mit Schwerpunkt Chorleitung an den Hochschulen in Saarbrücken und Düsseldorf. Seit November 2002 wirkt er als Domkapellmeister am Würzburger Dom, wo er Domsingknaben, Mädchenkantorei, Domchor und Kammerchor leitet.

Von 2004-2008 unterrichtete er im Rahmen eines Lehrauftrags an der Musikhochschule Würzburg. Gastdozenturen führten ihn an die Universitäten von Stellenbosch und Port Elizabeth/South Africa. Im Juli 2008 wurde Martin Berger auf eine nebenamtliche Professur für Chorpädagogik an die Robert Schumann Hochschule Düsseldorf berufen.